Набор для секвенирования ДНК в полевых условиях, Field Sequencing Kit, Oxford Nanopore Technologies

Набор предназначен для получения библиотеки из геномной ДНК в полевых условиях, когда ограничена возможность хранения реагентов при низких температурах. Процесс пробоподготовки основан на транспозазном расщеплении ДНК с последующей пришивкой сиквенсных адаптеров и занимает не более 10 минут.

Особенности набора:

время пробоподготовки	10 минут
требуемое количество ДНК	400 нг высокомолекулярной геномной ДНК
необходимость ПЦР	нет
фрагментация ДНК	транспозазная
длина рида	случайная, зависит от длины исходных фрагментов
производительность	1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
совместимые протоколы	Field Sequencing;
количество библиотек	6
условия хранения	до 1 месяца при температуре до +30 °С; до 3 месяцев при +4-8 °С

Набор оптимизирован для хранения при температуре окружающей среды, так как реагенты в его составе находятся в лиофилизированном виде.

Количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, поэтому набор даёт возможность получения длинных ридов, но максимальная длина зависит от качества исходной ДНК.

Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже.

Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.

В состав Field Sequencing Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Дополнительные расходные материалы:

• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (R0581).

Дополнительное оборудование:

• термостат или любое устройство с нагревом до +80 °С;
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0.5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам.